肛瘘病人很难自愈，如果不经过治疗会终身携带。由于长期反复发作，形成肛周脓肿破溃或切开，在原来基础上形成新瘘口，反复恶性循环导致复杂性肛瘘，造成手术操作难度增大，术后复发和并发症明显增加。

由于反复切开，相接组织增生，造成肛管狭窄，引起排便不畅，或由于瘢痕形成，肛门括约肌弹性丧失，造成大便失禁等，以上并发症会增加病人痛苦。