肛瘘内口不断沿着直肠污染物进入瘘管，造成感染化脓，再加之瘘管弯曲、狭窄，肛周括约肌收缩，均可使脓液引流不畅，使感染沿着括约肌间隙不断蔓延，再次形成脓肿。

脓肿破溃后可形成多个外瘘口，或在原来瘘口上再次破溃。所以对于的肛瘘患者的治疗非常关键，只有在手术的情况下把瘘管彻底敞开，刮出瘀肉，才能使肛瘘患者彻底愈合。