原发性血小板增多症属于骨髓增殖性肿瘤里的一种，首先要跟继发性血小板增多症进行鉴别。慢性炎症、缺铁性贫血，尤其自身免疫性疾病，如类风湿性关节炎患者可能会出现血小板升高，血小板甚至能达到700-800×10^9/L。这种情况下会有原发病的表现，主要是治疗原发病。如果血小板增高到一定程度，可能需要抗血小板聚集治疗。其要跟慢性骨髓增殖性肿瘤进行鉴别，骨髓纤维化一般脾大比较明显，临床表现上可能会有区别。

还有骨髓检查，骨髓活检会有纤维组织增生，骨髓纤维化有一些特殊的实验室检查指标异常。慢性粒细胞白血病做染色体和基因改变，如果有特殊9号和22号染色体的异位，可能是慢性粒细胞白血病，有基因的变化也会确诊。