肝移植3年后可能会发生排异反应，称为慢性排异反应。肝脏以体液免疫为主，是由于循环当中特异性的抗体低水平的免疫应答所导致血管周围炎症，是移植物的血管内皮持续的低程度损害，并且伴有血管平滑肌细胞的增生，阻塞血管，使移植物功能逐渐下降。

虽然慢性排异反应发生几率较低，表现为肝功能异常、黄疸，甚至胃底静脉曲张，但是它所导致的后果非常严重，需要引起高度重视，积极地采取抗排斥治疗。