系统红斑狼疮性肾炎较难治疗，若不定期随访，不遵从医嘱、不规范治疗，可能导致疾病更难治疗，以及不积极控制感染等均是儿童狼疮性肾炎致死原因。因此系统性红斑狼疮并非是好治的疾病，但在难治病情况下，若经正规治疗，5年存活率可达到44%-93%。

患者死亡原因主要是未经过正规治疗、正规服药，且伴有多脏器严重损害、重症感染，或出现急进性狼疮性肾炎的慢性肾功能不全等情况。因此临床治疗难度会非常大，预后较差。