核磁共振检查技术现在正式命名为磁共振成像检查，因为"核"字可能会使患者产生恐惧感，实际磁共振检查与核辐射无关。医生不认为磁共振检查对人体有较大危害，但检查需发射一定射频脉冲到患者机体，可能会出现对身体的加热、神经刺激作用等。美国对射频能量有一定限制，照射人体时通过机器计算控制，若发热作用机器会自动停止扫描，属于临床保护机制。

通常在医疗上应用磁共振无害，但物理学能量作用对身体会产生潜在影响，而对于人体健康无影响，但无疾病时仍建议患者尽量避免检查。此外，医学存在规定怀孕3个月内孕妇应尽量避免磁共振检查，考虑到怀孕早期胎儿在生长发育阶段，以免发生意外事件。