核磁共振属于通过射频脉冲激发人体氢质子，改变运动状态进行成像。CT检查属于通过发射X射线，穿过人体再经过接收射线衰减情况形成图像。较大区别在于磁共振成像无X线辐射，而CT成像属于X线辐射。

此外，通过X射线观察骨质可表现为高密度，而磁共振成像机制基于氢质子成像，由于骨头主要成分为钙磷而氢质子较少，可表现为无信号区。故在磁共振成像中有骨头表现为黑色或低信号，CT观察骨头为白色或高密度，在疾病诊断上CT对骨骼病变相对比较直观，但若诊断微细病变则磁共振检查较好。