不同的内瘘原因，有不同处理方法。内瘘处理比较困难，手术需寻找瘘口部位，并且进行肠管切除或脏器切除，以及切除后消化道重建。内瘘手术时间长短相差较大，如果手术较难，一台手术需4-5个小时甚至5-6个小时或更久。
出现内瘘时，部分患者可出现明显症状，如胆肠瘘，易造成胆道逆行性感染，患者可能出现胆囊炎、肝脓肿等。如果为肠内瘘，比如回肠瘘、结肠瘘，患者可能没有突出症状，手术中可以发现肠管之间形成致密粘连，并且存在穿孔、破裂现象，进行手术切除方可根治。
出现内瘘原因，通常与炎症性疾病以及损伤性疾病相关，因此出现腹部特殊不适时，建议积极至医院就诊，通过超声、CT、钡餐、消化道造影等影像学检查，明确患者是否出现特殊内瘘性疾病。
