化脓性中耳炎可以通过去除诱因、手术等方式根治。化脓性中耳炎如果是急性期，一般鼓膜上会有针尖样小穿孔，中耳里会有脓液产生。
如果短期内突然出现穿孔，可以应用抗生素治疗，口服抗生素加局部滴耳抗生素进行内外夹击治疗。多数在急性期能得到控制，流脓能够明显改善，但鼓膜的穿孔不一定能完全愈合，需要经过1-2个月的持续观察。
突然出现小穿孔，部分患者通过积极的抗感染治疗，鼓膜穿孔能够愈合，相当于敞开的门打扫干净卫生后又把门闭上，房间能够得到相对干净的环境。化脓性中耳炎的诱因如上呼吸道感染诱因去除后，一般能达到根治的目的，一般发生在小孩。
成人的慢性化脓性中耳炎，时间较长的鼓膜穿孔已经持续不愈合，如果想根治，可能需要通过手术来治疗。手术中会清除中耳病变，如产生的肉芽、胆脂瘤进行清理。同时把鼓膜修补后才能维持正常的中耳环境，达到中耳炎根治的目的。
