如果是单纯的日常清洗，不建议对肛门内即肛管和直肠进行清洗。排便后只需处理肛门局部，将肛门外部的大便清洁干净，不要使大便残留于肛门外表面即可。如果治疗时需对肛门内进行清洁，需借助工具肛管。肛管为较细的软管，头端是盲端，孔开在侧方。通过肛管与灌肠器连接后，灌肠器中的清水可对肛内进行清洁。此时温度需保持适宜，36-37℃即可。
肛管上需涂抹润滑油、食用香油或豆油皆可，在进入直肠时需轻柔地从肛门进入，进入过程中如果不能够进一步向前置入，是由于肛管到达至直肠黏膜处引起。这时不要强行推入，退1-2cm后再进入，推入后直肠内压力可自然将肛管头压迫到直肠空虚处，就可顺利向前置入。反复的退进能将肛管置入直肠内，这时需轻柔注入水分，对直肠和肛管进行冲洗。但这是治疗需要，平时的清洁工作中不建议患者自行对肛管、直肠灌洗或清洗。
