肠镜进行病理检查并不都很严重，根据具体情况而定。进行病理检查主要因为临床医生看到肠镜下表现和正常不一样时，比如糜烂、出血、息肉样隆起，甚至可能怀疑有癌症等病变，都会取组织进行活检，但大多数还是良性病变，不需要过度担心。
良性病变主要包括结直肠慢性炎症、结直肠炎性息肉，还有比较常见的是腺瘤，腺瘤是在息肉的基础上出现非典型增生，这时可以诊断为腺瘤。最严重的情况是结直肠癌，但比较少见，不需要特别担心。
还有部分少见的病变，比如炎症性肠病也需要取病理，炎症性肠病时取活检反而会取很多组织，从小肠一直到结直肠都要取检，这是取检规范，不需要担心，这是规范性的取检。
