小儿膀胱输尿管反流手术预后较好，本病多数是因为孩子出现反复的泌尿系感染，打针、吃药等保守治疗会长期静脉、口服抗生素，而且用药时间非常长，所以采取手术治疗。手术一般会采取膀胱输尿管再植手术，通过手术治疗大部分孩子术后反流现象都会消失，至少变成轻度反流。

反流症状控制后，孩子发烧或者泌尿系感染、尿里白细胞增多的现象都会慢慢改善、缓解甚至消失。部分合并肾或者输尿管积水患者，通过手术解决后扩张的输尿管会慢慢减轻，肾盂积水也会逐渐减轻，甚至有一部分会恢复到正常情况。