补体C1q水平降低临床上可见于多种疾病，如系统性红斑狼疮、系统性血管炎、干燥综合征等自身免疫性疾病，也可见于肝脏合成功能不良等原因。补体C1q降低并非明确诊断指标，无法仅根据该水平确定患者存在以上疾病。

此外，需排除是否存在实验室误差造成补体C1q水平测量值稍低，若通过多次监测明确存在持续补体水平降低，同时符合以上疾病的其它临床特点，如口腔溃疡、脱发、皮疹，以及颊部红斑、盘状红斑等，再结合其它自身抗体检查及系统受累，可明确诊断为系统性红斑狼疮时，若补体水平仍降低，通常提示疾病活动。但也有部分患者存在临床稳定而血清学活动的特殊情况，需进行鉴别。