骨囊肿在CT上主要表现为边缘比较规整的隆骨样或者骨破坏缺失，同时表现为良性骨肿瘤的CT表现，边缘规整、内壁清楚，有明显骨透亮缺损区域。骨囊肿在CT上的表现比较典型，CT对骨囊肿的诊断也具有很好的明确诊断意义。它属于骨破坏性改变，主要表现为明确、光滑的圆形或椭圆形骨区域破坏，出现骨的骨质吸收，同时表现为边缘比较光滑、规整，有部分骨边缘受压。
骨囊肿内部，由于它是液体结构，在CT上显示为类似于液体状的低密度影像学表现，骨囊肿大小和范围在CT上也有所表现，一般会表现为一定范围良性的占位性骨肿瘤。由于骨囊肿是良性骨肿瘤，在CT上也像大部分良性骨肿瘤一样，很少会表现为附近骨膜刺激或者骨膜增生。总体来说，骨囊肿属于膨胀性破坏，或者良性缓慢进展为主，而不是不规则的侵蚀性破坏。通过CT不同断面以及常发部位综合考虑，可以明确骨囊肿的诊断。
