治疗阴道菌群失调需首先除掉致病的病原体，其次需尽可能恢复原有的阴道菌群平衡状态。正常女性阴道内，有很多菌群相互依赖、相互平衡、相互制约、共同生存。如果阴道内的菌群平衡被破坏，将会导致原有的加德纳菌等厌氧菌异常增殖，而导致细菌性阴道病，也有可能出现假丝酵母菌异常增殖，而导致外阴阴道假丝酵母菌病，如果出现阴道炎症，需给予患者针对性用药，常见治疗方式如下：

1、细菌性阴道病：可给予患者硝基咪唑类栓剂治疗，有效杀灭厌氧菌的同时，可保护阴道内原有的乳杆菌不受破坏，治疗细菌性阴道病效果较好；

2、外阴阴道假丝酵母菌病：患者可应用克霉唑阴道栓剂、制霉菌素阴道栓剂进行治疗，多数情况下，抗真菌药物对于阴道内原有的乳杆菌影响较小。治疗霉菌性阴道炎后，多数患者症状明显减轻，但部分患者因为罹患糖尿病或应用很多广谱抗生素，杀灭阴道内正，阴道乳杆菌。导致阴道的炎症反复发生时，可给予患者补充阴道乳杆菌；

3、萎缩性阴道炎：部分老年患者因为雌激素水平偏低，导致阴道内乳杆菌无法正常生存时，可应用抗生素软膏杀灭杂菌，同时可适当补充阴道内乳杆菌。但因为老年女性低雌激素水平状态，不利于乳杆菌生长，必要时可给予患者阴道局部涂抹雌三醇乳膏，有助于恢复雌激素水平，帮助阴道乳杆菌生长，进而减少萎缩性阴道炎的反复发作。