造血干细胞移植的原理，即把受者的造血干细胞清除，然后用供者的造血干细胞替换受者的造血干细胞。临床上主要是三大器官产生排异，具体如下：

1、肠道排异：表现为腹泻，而腹泻的严重程度不同。如严重腹泻时，可能排出肠黏膜，此时为严重排异；

2、皮肤排异：轻者表现为皮疹，重者可以表现为皮肤剥脱、皮肤严重炎症反应；

3、肝脏排异：主要造成胆管损伤导致黄疸形成。除黄疸外，还可以从化验指标上反映出胆汁淤积。

由于造血系统和免疫系统共用同一个系统，因此供者的造血干细胞植入到受者体内后，在受者体内重建造血功能的同时，也在重建免疫功能。由于机体主要依靠淋巴系统行使免疫功能，因此重建的免疫功能主要指淋巴细胞。造血细胞和免疫细胞来源于供者，而身体的其它器官是受者原来的器官，因而进入受者体内的免疫细胞，会与原来的器官发生冲突，其本质是供者的细胞排斥受者的细胞和组织。