肛周囊肿在治疗前，先要明确具体发病原因，如果其囊液为脓性分泌物，大多是肛周脓肿，主要是进行切开引流。如果肛周囊肿只是囊性病变，也可以进行局部的切除，需根据超声或影像学的特征，才能具体决定治疗的方案。

对于反复迁延不愈的肛周脓肿，可能是由于肛瘘所致。肛瘘是在直肠肛管处有一个肠内的内口，在肛门外还有一个局部的外口，连接两口之间是一个细长或弯曲的窦道。肛瘘的治疗主要进行瘘管的完整切开，这样才能使新生的肉芽组织由内向外生成。肛瘘引起的肛周脓肿主要表现为迁延不愈的肛周感染，只有治疗肛瘘，肛周脓肿才能痊愈。