隐睾大部分为先天性，因身体某些基因或激素异常导致睾丸下降、停留于腹腔、腹股沟、阴囊上部等部位形成隐睾。睾丸最适宜于阴囊内发育，阴囊温度较体温略低，其他部位如腹腔、腹股沟温度较高，可导致睾丸发育异常。1岁前如果未进行处理，睾丸多数已经产生病理性改变，一般建议6个月至1岁进行手术治疗。

部分隐睾属于医源性，多因小儿行腹股沟斜疝或鞘膜积液手术时，睾丸偏离原位置，手术结束后未将睾丸回调正常形态所致。如果睾丸时有时无，多考虑为滑动性睾丸或回缩性睾丸。回缩性睾丸可能将睾丸拉入阴囊底部，此时无需干预；滑动性隐睾可于腹股沟处，也可位于阴囊底部，但睾丸出现位置移动后可立即缩回至腹股沟，此时需行手术治疗。