扁桃体一侧切除和两侧切除的区别，主要是手术方式的选择。

一般对于扁桃体肥大，特别是生理性肥大阻塞气道的，都建议双侧扁桃体切除，尽管可能一侧大，一侧小，也建议双侧扁桃体切除。因为这个时候，如果仅进行了单侧扁桃体切除，另外一侧，很可能会代偿性地增生，重新引发气道的堵塞，从而引发二次手术。有一些反复发作的慢性扁桃体炎，也建议双侧切除，可以可以彻底根治扁桃体炎。如果是成年人，单侧的扁桃体肿大，而且高度怀疑是肿瘤性的病变的时候，通常进行单侧的肿瘤病变侧的扁桃体切除，术后辅以放疗或者化疗。

总之，对于儿童的扁桃体的肥大增生，或者引起张口呼吸、打鼾，或者引起腺样体面容，或者扁桃体的反复发炎，多采用双侧切除。