利福平异烟肼主要的副作用是血液和淋巴系统的失调，罕见的副作用包括暂时性白细胞减少和嗜酸性粒细胞增多。在少数情况下间歇治疗比连续治疗更容易出现血小板减少，以及血小板减少性紫癜的症状，还有报道表明如果在出现紫癜后继续服用利福平会出现脑出血并发症，严重会引起死亡。

此外利福平异烟肼的副作用还包括溶血和溶血性贫血等，所以在使用过程中需要注意的禁忌是对其中的利福平和异烟肼过敏的患者禁止使用。因为利福平异烟肼是复方制剂，里面含有的成分包括利福平和异烟肼，对肝功能障碍、胆道梗阻、3个月内的孕妇、痛风患者、精神病、癫痫病、糖尿病有眼底病变的患者都需要禁忌使用。

在用药过程中还需要注意联合用药的禁忌，如禁忌和伏立康唑和蛋白酶的抑制剂联合使用，还需要注意对酒精中毒、老年、糖尿病、肝功能损害、肾功能减退的患者慎用。