泮托拉唑和奥美拉唑同为质子泵抑制剂，药理作用一样，都属于抑酸药物。但两个药物的上市时间以及化学结构不一样，无法进行简单比较哪个好哪个不好，因为两个药各有所长，有各自不同的适应人群，具体分析如下：

1、奥美拉唑：出现时间比较早，属于第一代质子泵抑制剂，一般奥美拉唑的抑酸作用比泮托拉唑略强，但奥美拉唑与其他药物产生不良反应的概率较大，奥美拉唑可以与硫酸氢氯吡格雷发生相互作用，影响硫酸氢氯吡格雷的血药浓度，影响临床疗效；

2、泮托拉唑：相对比奥美拉唑上市时间晚，抑酸作用较奥美拉唑略弱。对于植入支架术后的患者，需要联合使用阿司匹林和氯吡格雷两个药物，即俗称的双抗治疗时，不能联合使用奥美拉唑，这时可以换用泮托拉唑，能够避免药物之间产生不良相互作用。