肝结石是否需要手术根据患者的情况而定。如是单发结石，未引起不适，且未引起肝脏硬化或肝脏萎缩，这种情况下通常只需要定期观察、随访，无需手术。但如果患者结石发生在较重要的位置，如左、右肝管汇合处，或者位于肝段和肝叶开口处，导致肝脏出现萎缩，肝脏实质出现病变，一定要积极处理，把结石取净，同时要将萎缩肝段或者肝叶切除，这样相关病变胆管能够去除，避免造成恶变情况的发生。
对于严重胆管炎的患者，需要积极抗炎，也需要在抗炎控制后将结石清除，通畅引流，避免结石再此形成。而对于多发结石，或者左、右肝均存在多发结石，一次手术无法解决问题，需要多次手术。经皮经肝胆道取石是对于复杂胆道结石患者保留肝脏实质非常良好的补充，但只在特别有经验的中心开展。对于严重的肝内胆管结石，肝脏呈硬化表现，肝功能失代偿，肝移植是唯一有效的治疗方法。
