假性胰腺囊肿在原发病早期如急性胰腺炎急性期，或者胰腺外伤早期，适宜行B超或CT引导下囊肿穿刺置管引流手术。有的病人经过治疗、观察、原发病好转，囊肿可自行吸收。半年到一年观察后，如果囊肿不能自行吸收，可选择开腹或者是腹腔镜下囊肿空肠Roux-en-Y吻合手术、囊肿胃吻合手术、内镜下胃囊肿支架引流术等。

胰腺真性囊肿根据发病部位选择不同手术方法，如囊肿比较小、位置表浅、与主胰管不通，可行囊肿剥离术。如囊肿位于胰头部，可选择胰头十二指肠切除手术。如囊肿位于胰体尾部可选择胰体、胰尾切除手术；潴留性囊肿一般位于胰体尾部，可选择开腹或者是腹腔镜下囊肿切除手术，或者在确定囊肿没有癌变情况下实行囊肿空肠Roux-en-Y吻合手术。