如果患者喉咙痛但通过喉镜检查并没有发现问题，常见的原因有以下几种：

1、神经受刺激：如果患者咽喉部黏膜内的神经受刺激，也可能会引起疼痛，此时患者的咽喉部黏膜通常没有病变，所以喉镜检查不会发现问题；

2、炎症：患者的咽喉部黏膜可能有比较轻微的炎症，喉镜检查之后发现炎症并不明显，医生可能没有写出诊断；

3、隐匿性病变：此时可能咽喉部黏膜还没有发生明显的变化，所以做喉镜检查时，并没有发现明显的咽喉部炎症，或占位性变的体征。

因此，对于咽喉部疼痛，但通过喉镜检查没有问题的患者，可以先进行试验性治疗，先按照炎症进行治疗，患者可以含服清咽滴丸、金嗓子喉宝、银黄含片、草珊瑚含片等含片，也可以口服中成药，如蓝芩口服液、甘桔冰梅片、六神丸、慢严舒柠、百蕊片等。另外，也可以做雾化吸入治疗。

大部分疼痛经过上述治疗之后都会有明显缓解或好转，如果不见好转，患者通常需要进一步检查，如做咽喉部CT或磁共振检查，判断患者的黏膜下是否有其他病变。