关于牙颌畸形的病因其实有很多种，大体分为遗传因素和环境因素。具体如下：
1、遗传因素：包括种族发育、个体发育，在种族发育这一块，人类在从远古到现在，咀嚼器官、肌肉、骨骼等，还有牙齿都处于退化趋势，在退化趋势中，实际上肌肉的退化是最先的，其次是颌骨的退化，再后面是牙齿的退化，由于这三个退化的不一致性，会导致牙齿的量跟骨头的量不协调，从而导致在临床中会碰到的包括牙列拥挤、牙齿的散在间隙等情况；父母在遗传的时候，其实给予了很多基因，比如地包天这种情况，很多时候遗传因素占了很大一部分因素，但是也会有个体差异，所以这种个体差异在基因上的表达有差异也会表现出错(牙合)畸形的不同类别；
2、环境因素：环境因素其实有很多种，包括在母体的发育过程中，比如母亲由于营养不良，或者由于摄入不好的药物或者食物等，引起整个身体发育的异常，表现出牙颌面畸形；还有些胎儿在发育的过程中也有可能受到外界的刺激，从而引起后期的错(牙合)畸形表现。还有其它的环境因素，包括后期发育的过程中的不良习惯，比如现在比较多的口呼吸习惯。口呼吸是由很多原因引起的，比如鼻炎、腺样体肥大、扁桃体肥大等引起。长期口呼吸，嘴巴处于张开状态，会引起相关的颌骨改变，通常称为腺样体面容。还有些不良的习惯，比如吐舌头、吮拇指、手指等都会引起一系列改变。