在骨干或者脊柱部位的骨结核，由于大量细菌繁殖、坏死，结核死骨混杂于其中，会形成局部脓肿。这些脓肿会刺激人体发生炎症反应，压力高会产生疼痛，破坏骨头，引起骨的血供下降，形成死骨，进一步破坏骨质。脓肿会在椎管里蔓延，可能会压迫脊髓，引起神经功能症状。脓肿在腰椎时会沿着腰大肌逐渐向下流，一直流到盆腔里面，称为流注性脓肿。这些脓肿需要外科处理。
处理感染的最基本原则是清除脓液，脓的存在会严重影响药物治疗效果。
所以对脓肿的处理，外科要求明确诊断的基础上，先进行至少2周以上的化疗药物控制，动态观察炎症指标是否稳定或下降。其最主要的目的是避免手术操作造成脓肿播散，形成全身播散性结核，这种疾病非常凶险。
在2周的有效控制基础上，炎性指标下降、疾病稳定的情况下，可以通过手术把脓清除，清创死骨。清理干净之后，再进行相应的植骨或者固定操作，从而治疗局部骨结核。