肛瘘不是一种单纯的疾病，肛瘘和肛周脓肿是同疾病的两个不同阶段。肛瘘的前半部分是肛周脓肿，肛周脓肿如果没有得到及时治疗，自行溃破形成窦道以后形成肛瘘。

肛管里都有肛窦的结构，有的人肛窦比较深，比较容易存粪便，粪便无法及时排出之，内部会滋生细菌导致炎症。如果还没有及时干预，甚至如果病人又进食辛辣食物，又喝酒，加上血管的怒张，血液回流减速，炎性因子排出减缓，会进一步加重炎症的发生，最终发展为肛周脓肿。如果脓肿进一步发展、溃破，最终形成经久不愈的窦道，则称为肛瘘。肛瘘不能够自愈，一定要进行手术干预。