奥硝唑片和甲硝唑片虽然均属于抗厌氧菌的药物，但是时间不同，口服生物利用度、药代动力学方面也有一定区别，两种药的疗效和有效预期浓度也有一定区别。甲硝唑属于一代抗厌氧菌药物，研发时间较早。随着研究进展，陆续开发二代抗厌氧菌药物、三代抗厌氧菌药物，奥硝唑属于三代抗厌氧菌药物。
奥硝唑相比甲硝唑也有优势，比如口服生物利用度较好，但奥硝唑的血浆半衰期较长，大概14个小时，而甲硝唑的血浆半衰期较短，大概为8个小时。半衰期长的优点是可以每天减少使用次数，服用次数越少，病人依从性会更好，可以减少遗忘次数。从临床疗效上，奥硝唑的疗效也比甲硝唑略好。
