0.4cm的肾结石临床医生认为是小的肾结石，危害不大，可以通过多喝水、多运动，口服排石药物自行排出。喝水量每天建议在2.5L以上，运动建议跑步、跳绳，或者以球类为主，这样有利于结石的排出。排石药物目前包括金钱草颗粒、肾石通颗粒等，也可以配合α受体阻滞剂舒张或者扩张输尿管，更有利于肾结石的排出。

小的肾结石如0.4cm的肾结石，对人体的危害不会很大，在排下来的过程中可能会引起血尿或者是肾绞痛，导致腹痛、腰痛、恶心、呕吐等。但是小结石排出去的概率很高，即使下降的过程中，导致的疼痛也不会很剧烈。

如果通过多喝水、多运动、排石药物的治疗，肾结石仍然没有排出来，也可以每年随访，继续观察等待，观察肾结石是否增大。如果将来变成1cm以上，也可以手术治疗。常用的手术治疗有输尿管软镜钬激光碎石术，如果肾结石更大，大到2cm以上，可以做经皮肾镜碎石术。