医用外科口罩是医用口罩中等级最高、防护能力最强的口罩，灭菌医用外科口罩和非灭菌医用外科口罩主要的区别在于，灭菌医用外科口罩经过了环氧乙烷灭菌，非灭菌医用外科口罩没有经过环氧乙烷灭菌。环氧乙烷对人体有毒，灭菌后的医用外科口罩通常要放置14天以上，环氧乙烷解析后才可以在临床应用。

由于口罩经过灭菌，灭菌医用外科口罩可以用在任何临床手术和介入操作的过程中。非灭菌医用外科口罩没有经过灭菌，虽然它防病毒、细菌、0.5μm颗粒的能力以及防体液的溅飞能力和灭菌医用外科口罩相等，但由于没有经过环氧乙烷灭菌，非灭菌医用外科口罩不可以在临床手术和介入操作中使用，但在非手术、非介入的临床工作中，非灭菌医用外科口罩防御病毒、细菌、颗粒，防液体飞溅的能力比一般的医用口罩要好。灭菌医用外科口罩要经过环氧乙烷灭菌，因此它的生产周期要比非灭菌医用外科口罩长。