非典型肺炎一般是由非典型病原体引起，非典型病原体属于一类细菌统称，一般包括肺炎支原体、肺炎衣原体、军团菌等细菌，儿童容易出现非典型肺炎。非典型病原体和细菌病毒存在一定差异，可能治疗存在不同。

一般非典型病原体主要是用大环内酯类或喹诺酮类药物进行治疗，和普通社区获得性肺炎治疗不同，例如肺炎链球菌感染主要应用青霉素、头孢类抗生素。非典型肺炎一般会影响机体症状更加明显，治疗时间比普通肺炎更长。