对于肾结核如果发现比较及时，可以通过药物治疗治愈。但如果发现相对较晚，单纯进行药物治疗不能达到治愈目的，此时还可通过手术治疗。发现肾结核后应采用药物治疗，常用四联方案至少治疗2个月，再改成两联方案继续治疗4个月，即半年的治疗周期。四联用药包括异烟肼、利福平、乙胺丁醇以及吡嗪酰胺治疗2个月，之后再继续口服异烟肼及利福平再继续治疗4个月。
如果患者肾内的结核灶经药物治疗后已经愈合，可以认为达到临床治愈，只需要定期复查即可。若患者肾内仍存有结核病灶，仍表现为空洞，单纯的药物治疗不能达到治愈，通常需要进行手术将坏肾整体切除，从而达到治愈的目的。
