巧克力囊肿打针后，部分患者停药2个月即可月经来潮，但亦有部分患者停药3-4个月，甚至半年后月经再次才会来潮，上述月经来潮时间均属于正常情况，建议无需过于担忧。

巧克力囊肿的治疗方法治疗包括注射针剂治疗，此针剂可以抑制患者体内的雌激素，使雌激素迅速降低至绝经后水平，从而治疗巧克力囊肿。由于此类针剂可以抑制卵巢功能，所以在治疗期间患者的月经通常会停止来潮。在结束此类针剂注射治疗后，随着卵巢功能恢复，可以恢复排卵及激素分泌，使月经重新来潮。因为每个患者对该药物的敏感性存在区别，所以此过程所需的时间长短不一。