新生儿足底血可以查苯丙酮尿症，以及甲状腺功能低下。这两种疾病属于先天性疾病，一般在出生后24小时可检测甲状腺功能状态，以及苯丙氨酸含量，如果未经过治疗，容易引起全身性及终身性智力损伤。
如果新生儿出生后苯丙氨酸增高，确诊苯丙酮尿症后，早期可进行低苯丙氨酸饮食和药物治疗，以控制新生儿血液中苯丙氨酸的含量，避免疾病发展，以及避免长期的智力损伤、癫痫等严重并发症，早期干预很有必要。甲状腺功能异常，如先天性甲状腺功能低下如果不进行干预和治疗，可发展为智力低下和严重的身体损伤。出生后也需要进行早期检测，经过反复测试，确诊为甲状腺功能低下后需要及时补充甲状腺素，经过正规的治疗可以避免致残性的发生，新生儿可正常生长发育。
