肛肠科是综合科室，而肛肠科的疾病包括痔疮、肛裂、肛周脓肿、肛瘘、肛乳头瘤、直肠息肉、直肠癌、骶前囊肿、骶尾部藏毛窦，以及直肠前突、直肠黏膜脱垂等盆底疾病，治疗时都是先采取药物治疗的方式，药物治疗不好时才考虑手术。对于需要进行手术的疾病，习惯上称为外科，但肛肠科治病通常采取先保守后手术的治疗方案。
保守阶段内科医生治疗对于便秘和肠炎等疾病，多数通过药物治疗，如中药、西药，而肛肠科医生与治疗方案基本相似，因此不能将肛肠科分为肛肠内科和肛肠外科，而是综合的科室。对于疾病需全程把握，并不是片面地见到某些疾病就考虑手术，或排斥手术，而是要对病人做综合判断，需要药物治疗就用药物治疗，需要手术的时候则果断进行手术，才能对疾病有正确的治疗，继而达到完美的效果。
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