肝囊肿相应的症状取决于肝囊肿大小，肝囊肿部位，以及肝囊肿逐渐增大的趋势，还有肝囊肿的数量。一般情况下，不管是男性还是女性，在肝内有几个毫米单发或者多发的囊肿，患者可以没有相应症状。但是如果囊肿比较大，出现肝脏压迫时可以出现肝区不舒服。另外肝脏囊肿比较大的时候，如果还是靠近胃或者是其它的部位的时候，也会引起相应的压迫症状。很少的情况下可以出现囊液感染导致的发热等。更少的情况下可以出现肝囊肿的破裂，也可以有肝区的疼痛等相应表现。
但是肝囊肿一般都是非常轻微的良性的疾病病程，并不需要特别的处理。只有在很少见的情况下，囊液特别大，或者是先天性肾囊肿、肝囊肿，存在这种疾病时肝内会有多发囊。这时候如果同时合并有肾脏多发囊，可能就相对的比较麻烦。