自身免疫性肝炎的临床症状往往比较隐匿，尤其是早期，可能会有乏力、食欲减退，甚至严重时可能会有恶心或者黄疸，但是黄疸的出现往往较少。在体检时可能会发现患者肝脏肿大、脾大，可能会有蜘蛛痣或肝掌，部分再进一步抽血化验，会发现肝功能异常，转氨酶尤其转肽酶、碱性磷酸酶可能都会升高。

如果查自身抗体谱也会有所异常，这样的情况可能会考虑有自身免疫性肝炎。症状对这类患者并不是最主要的，因为症状很轻微，跟其他疾病很难进行区分。