霉菌性鼻窦炎属于真菌性鼻窦炎，其手术过程和普通鼻窦炎手术相同，目前大多数选择全麻下内窥镜鼻窦手术。在手术过程中，因为患者处于全麻状态不会产生痛苦，而且随着术后鼻腔填塞物进化，术后痛苦程度越来越低。

鼻窦炎术后最大痛苦为来自鼻腔填塞物压迫导致的头疼、头懵。而近几年随着填塞物进化，所致疼痛感觉较轻。另外，填塞的目的是止血，目前填塞物越来越柔软，致术后头疼的发生越来越少。