碘伏跟碘酒的最大不同，在于溶剂的不同。碘酒的溶剂就是酒精，碘伏的溶剂是有机的咯烷酮。对于两种溶剂最大的不同地方，就在于碘伏是一种有机碘，在跟碘结合在一起以后，其实其刺激就不大。当消毒以后，对整个黏膜的刺激就很小。
碘酒用了将近有150-200年，是常用且具有杀菌效果的制剂。此化学制剂的最大缺点，就是会造成黏膜的强烈刺激，就相当于把酒精直接倒在伤口上，其产生的反应是一模一样。
虽然碘酒用了较长时间，消毒、杀菌的范围也非常好，但是现在仍然用碘伏来替代。最主要的原因，就是对于肠道黏膜，或者口腔黏膜，如果直接用碘酒，对整个伤口的刺激非常大，也会造成患者的疼痛。
有时换伤口时也多数会采用碘伏，而不是碘酒。因为酒精对于整个细胞的生长，也有刺激作用，甚至抑制作用。因此选用更加刺激轻微的消毒制剂来杀灭细菌，是大势所趋。
