粪肠球菌感染时应用万古霉素以及泰能等药物有效，应根据细菌的培养结果选择有效的抗生素。粪肠球菌易发生耐药，所以病情通常会反复发作。

粪肠球菌对临床使用较多的喹诺酮类、头孢类以及大环内酯类药物耐药。对于较高端的抗生素，耐药的几率较小但副作用较多。所以应进行细菌培养并选择有效的抗生素，治疗应足量、足疗程才能够彻底治愈，否则易导致病情反复发作。