如果已经怀孕胚胎着床，再吃避孕药可抑制子宫内膜增生，引起胎停育，甚至流产。没有真正着床之前吃避孕药，随着避孕药代谢后胚胎才着床，人体此时再分泌孕激素，可对胎儿影响较小。一旦已经着床，吃避孕药可对子宫内膜、卵巢功能抑制较明显，可出现生化妊娠，甚至胎停育。

另外，女性朋友比较关心的就是避孕药是否会引起胎儿畸形，理论上短效避孕药和紧急避孕药虽然雌孕激素比例不一样，但一般均不致畸。只是可能引起卵巢功能减退，当卵巢功能下降时，分泌的黄体酮孕激素较低，可引起胚胎发育不良，引起生化妊娠，还有胚胎停育等不良孕史。