气管镜检查的不舒服或者危害如下：

1、主要是咳嗽，因为气管很敏感，有任何物体进入到气管以后，本能的就会咳嗽。在做之前通过喷麻药，会把咳嗽感觉尽可能降低但仍存在；

2、如果气管镜要做检查或者治疗，比如取活检，有可能会造成出血，甚至可能造成支气管破损，引起气胸。出血一般量不大，通过药物止血治疗，一般都会好转，但是要小心大出血的情况。最严重的情况下需要进行急救、抢救，通过止血以后，才能把问题彻底解决。

气管镜检查不管是呼吸内科还是胸外科，经常会选择的一项检查。气管镜是有创检查，通过咽喉部、鼻咽部局麻后，将细的纤维支气管镜通过声门进入气管，然后再往下到各级支气管，观察气管里面有没有病变。