目前造成肾囊肿的原因不是特别清楚，可能是上皮细胞变性导致的内在结构问题。肾囊肿内主要是囊液，有囊液产出呈水样表现，形成囊肿，像小泡一样存在于肾脏。
1、衰老表现：很多病人在40岁后出现肾囊肿，认为与衰老有一定的相关性，可能与长白头发、老年斑一样，是肾脏的正常衰老表现之一；
2、不良生活习惯：有些病人较年轻时就会出现肾囊肿，需要相对重视，有可能是不良生活刺激导致的囊肿早发；
3、咖啡因刺激：目前比较清楚的原因认为可能与咖啡因类的东西有关，咖啡因刺激导致囊肿产生和增大。如果肾囊肿病人非常大量的咖啡摄入史，建议病人适当减少咖啡摄入，甚至不喝咖啡，减少肾囊肿产生。
还可能有更多原因导致肾囊肿发生，需要更多研究来支持。
