双肾囊肿发生的原因，要根据囊肿的具体情况具体判断。双肾囊肿在临床上很常见的一类是散发的囊肿，双肾囊肿数量并不是特别多，一侧肾脏2-3个或者3-5个。双肾囊肿并没有一个特别确定的原因，目前公认的原因就是肾小管憩室发展而来。
随着年龄的增加，肾小管，尤其是远曲小管和集合管的憩室在逐渐的增加，就会形成囊肿，因此肾囊肿的发生率也在逐步增加。大部分肾囊肿，尤其是单纯性的囊肿，无论是一侧或者双侧肾脏，大部分的都是非遗传性的囊肿，有少量的可能是遗传性的囊肿，尤其是常染色体显性遗传比较常见，而多发囊肿可能有一定的遗传的倾向。
大部分囊肿，无论是单侧或者双肾，不是非遗传性的，都是后天，比如肾小管憩室发展而来。所以，双肾多囊肾跟遗传有一定关系，是由基因突变所导致的遗传性疾病。
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