多囊卵巢综合征的病因目前仍未完全清楚，大体分遗传和环境两种因素，具体如下：

1、遗传因素，部分家庭有聚集情况，如妈妈患多囊卵巢综合征女儿也患有多囊卵巢综合征，但不是每个家庭都如此。还有一种遗传是爸爸因素，即爸爸是秃发，生出的女儿有可能为多囊卵巢综合征，具体遗传因素目前还不确定。有研究表明爸爸和妈妈带的染色体上的某个基因突变，生出的女儿也可能是多囊，但也不能完全解释多囊卵巢综合征的病因；

2、环境因素指外环境和内环境，内环境最重要是个体因素，个体因素主要为代谢因素，多囊患者分糖脂代谢和激素代谢。激素代谢主要为丘脑-垂体-卵巢轴天生紊乱，或后天造成紊乱。后天因素有肥胖、生活饮食不规律、压力大、应激，会造成局部雄激素高、垂体分泌的黄体激素高，形成多囊卵巢综合征。与糖代谢有关的是胰岛素，长期胰岛素抵抗、血清高胰岛素水平也会造成卵巢雄激素水平增加。胰岛素抵抗的人有肥胖，越肥胖胰岛素抵抗就越严重，是相互影响的恶性循环。