接种HPV疫苗后部分患者会出现发烧，属于过敏表现。部分患者可能全身起皮疹，甚至出现感染中毒即过敏性休克表现，如呼吸困难等。

由于疫苗内含有蛋白，部分患者可对蛋白产生过敏反应，但较为罕见。此类患者通常对其他物品也过敏，如对鸡蛋过敏患者可能也会在接种疫苗后出现过敏反应。患者除发烧外，还可能出现局部刺痛感。注射HPV疫苗对于多数患者较安全，没有特别副作用，但少数患者可能会出现不良反应。