任何手术都有风险，心脏手术在外科手术中难度和风险较高。开展心脏手术的医院现在手术也较成熟，如开胸体外循环手术属于一种常规手术，总体风险控制良好，死亡率、并发症发生率均较低，特别是较常见的相对简单的先心病。

但手术过程中仍然会出现各种各样的情况，如麻醉意外、体外循环意外、药物过敏、残余分流、瓣膜反流以及心律失常等。此类并发症发生几率较小，但任何可能发生的情况医生都会在术前向家长详细交代。