恶性纵隔肿瘤临床常见类型为恶性胸腺瘤、恶性畸胎瘤、恶性神经源性肿瘤。通常肿瘤已经出现侵犯周围组织的生物学行为，包括侵犯气管、大血管、脊柱，可以根据肿瘤侵犯程度、淋巴结转移决定预后、分期。

较严重的恶性肿瘤一般难以治愈，但对于轻型恶性肿瘤，仅侵犯周围组织的胸腺肿瘤而言，术后仅需加用放疗或化疗，患者即可存活很长时间。对于有浸润性行为的恶性胸腺瘤，如侵犯血管、气管等，需术前辅助诱导治疗，术后才可彻底清扫。