通常咳嗽药和益生菌没有冲突，所以喝咳嗽药的同时，通常可以喝益生菌。咳嗽药通常是指止咳药，西药包括复方可待因、右美沙芬以及切诺，中药有各种各样的成方，主要有止嗽化痰颗粒、苏黄止咳、橘红丸等，通常与益生菌没有冲突。尤其是小孩，为建立正常的肠道菌群数，可以经常喝益生菌。
但是通常药物要分开喝，两种药物之间，基本要间隔1-2小时再喝。如果一同服用，可能增加胃肠道的不良反应。如果咳嗽时服用抗生素，由于抗生素对益生菌有较大的影响，所以尽量不喝益生菌。也可间隔时间延长，待抗生素停用之后，再喝益生菌。因为抗生素对益生菌有杀灭作用，可以导致益生菌在肠道内无法起效，对胃肠的调理作用消失。
