多囊肾是一种遗传疾病，目前不能从基因上改变多囊肾的存在基因，所以没有很好的治疗办法。目前临床上能采取的治疗就是延缓多囊肾的发生、发展过程，即延缓肾功能不全的进展，比如控制血压、低蛋白饮食，控制其他高危因素，如高尿酸，尽量减缓进展到肾功能不全的时间。

研究人员都在找治疗多囊肾的办法，目前临床上没有完全治疗多囊肾的办法。除非出现并发症，比如囊感染，控制多囊肾的感染都是治疗并发症，并不是能治疗多囊肾本身。